El Museo de la Memoria y los Derechos Humanos depende de una Fundación de derecho privado integrada por representantes del mundo académico, organizaciones de defensa y promoción de los derechos humanos y personas que generan un espacio de pluralidad en el seno de la institución. Las fundadoras del Museo son Mª Luisa Sepúlveda Edwards y Mª Eugenia Rojas Baeza. Su Directorio está compuesto por académicos de universidades que cuentan con Centros de derechos humanos. También está integrado por organizaciones de defensa y promoción de los derechos humanos en Chile, como la Vicaria de la Solidaridad, la Casa de la Memoria y la Corporación Parque por la Paz Villa Grimaldi. Los demás miembros han sido convocados a título personal, producto de su compromiso con los Derechos Humanos para respaldar la misión del Museo.
Directorio
Patricio Zapata Larraín, Presidente. Abogado y académico constitucionalista
Alejandra Kantor Brücher, Secretaria general, emprendedora y gestora cultural
Daniel Platovsky Turek, Tesorero, Ingeniero Eléctrico, empresario
Michelle Bachelet Jeria, ex Presidenta de la República, Médico
Arturo Fontaine Talavera, Escritor, académico, ex director CEP
Yañira Zúñiga Añazco, académica e investigadora Instituto de Derecho Público, Universidad Austral
Catalina Bosch Carcuro, Sicóloga y académica
Osvaldo Puccio Huidobro, Consultor y ex embajador de Chile en Brasil y España
Javier Luis Egaña Baraona, Abogado, representante Fundación Archivos de la Vicaría de la Solidaridad
Cristián del Campo Simonetti, Sacerdote S.J, rector Universidad Alberto Hurtado
Carlos Peña González, Abogado, rector representante Universidad Diego Portales
Verónica Reyna Morales, Abogada, representante Corporación Casa de la Memoria
Constanza Núñez Donald, Abogada, Centro de Derechos Humanos Facultad de Derecho, Universidad de Chile
Alejandro Núñez Soto, cientista político, director representante Corporación parque por la Paz Villa Grimaldi.
Maria Luisa Sepúlveda ,presidenta emérita del directorio. Ex vicepresidenta de la Comisión Valech, fundadora del Museo de la Memoria y los DDHH.